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[基础知识] 基于血液的肿瘤早筛技术知多少

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6477 0 青菜567 发表于 2023-9-28 10:38:34 |

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本帖最后由 青菜567 于 2023-9-28 10:41 编辑 ( j2 j, o- d8 i( y! P
3 Y  K/ c5 H) d8 p
无论就医看病还是体检,做的检查除了仪器检查如B超、CT、核磁共振、胃肠镜外,最多的就是生化检查,如基于血液、尿液、大便、痰液等的检测,因为这些体液中含有众多生物标志物,能够提供关于健康状况和疾病风险的重要信息。6 \* k* g$ h# [9 U, H: \+ w& w
8 M. B- \; ^- M2 H
以血液为例,血液是流动在人的血管和心脏中的一种红色不透明的粘稠液体,负责各类营养物质的输送以及机体产生的废物的排除。血液由血浆和血细胞组成。血浆中含有水、蛋白质和其他溶解物质,血细胞包括红细胞、白细胞和血小板。
  V0 [3 e3 d. N7 Q) p
血液中一些指标的异常时常预示着身体某个器官或组织机能受损。目前基于血液的肿瘤早筛技术中经常提到的cfDNA就是血浆中存在的一种分子标志物

0 D, ], v# A, w: E0 e+ k' }4 ]
640.png
(参考于网络图片)$ L) K0 V  M/ V" O/ f
: m& @! G1 R3 D0 x

如何理解cfDNA和ctDNA?


5 v. S8 M/ }; {- t& ~
cfDNA全称为cell free DNA即细胞游离DNA,顾名思义就是指游离于细胞外的DNA。那么问题来了,DNA不都是在细胞内吗,怎么会跑到细胞外呢?

  ^0 w  i) G: c3 O' a
人体内的细胞不断更新换代,也就是说每天每时每刻我们体内都不断地有细胞在凋亡,又有新的细胞在形成。在细胞凋亡过程中有些DNA会“破壳而出”进入血液中,另外,人体在外界物理或化学刺激下引发的细胞坏死也会导致DNA释放到血液中,所以我们人体血液中都含有cfDNA。
/ |& n! F7 B: j  g, A( j
640.png
(参考于网络图片)
/ N  e% e& W9 E9 g
但对于肿瘤患者来说,其血液中除了含有正常细胞凋亡或坏死释放的DNA外,还包括肿瘤细胞释放的DNA,这部分DNA有个专有名称叫ctDNA,全称为circulating tumor DNA即循环肿瘤DNA。因此对于肿瘤患者来说,血液中的cfDNA包含了ctDNA。

. e; e! s$ b6 r* h7 R" _, v
ctDNA主要来源于坏死的肿瘤细胞、凋亡的肿瘤细胞、循环肿瘤细胞(CTC)、肿瘤细胞分泌的外排体,其携带与肿瘤发生相关的分子信号,这些分子信号如同肿瘤的“身份指纹”,对肿瘤早筛、肿瘤精准治疗都具有非常重要的意义。

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cfDNA全基因组测序肿瘤早筛技术

# L7 T" d2 R' G& \: p
通过上面我们了解了cfDNA和ctDNA的概念和区别,那么对于肿瘤早筛来说,到底检测的是cfDNA上的哪些信息?也就是哪些信息是与肿瘤的早期发生相关呢?这个需要经过临床研究进行标志物的筛选和验证。

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和瑞基因研发团队通过临床研究发现,仅需受检者10ml静脉血,通过全基因组测序技术(WGS, Whole Genome Sequencing)和自主研发的机器学习算法,在全基因组范围内分析四个维度的特征提取及模型构建,包括末端序列、片段大小分布、核小体印迹、拷贝数变异,可精准评估六大高发高危癌种风险,包括肺癌及五大消化系统癌种(食管癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、结直肠癌),并可准确溯源癌症风险器官。

# B4 Q& z0 z0 {6 w; P
那么如何理解四个维度呢?
* D4 u3 D6 v9 i
片段大小
$ n) B# G6 J/ w8 f( ~4 X: f# ?- \9 k/ i5 D) n8 }) U! V( u. f3 A# z
DNA片段大小以核苷酸碱基对的数量表示,以bp为单位。肿瘤细胞释放的ctDNA片段大小比正常细胞释放的cfDNA更短。

: X: C* i0 I% k, L% Y
末端序列5 N1 `! N& O2 p, \5 f
在DNA片段化进入血液过程中,DNA发生了非随机断裂,其末端的几个核苷酸,癌与非癌具有不同偏好的末端切割模式。
3 O  J$ i6 A- x  U% {
; w( P$ g% P- l: k
核小体印迹
9 }1 {  t& S7 D+ c  d5 _& T; X0 w1 l3 A
肿瘤发生和发展的内因是原癌基因的活化和/或抑癌基因的失活等异常表达,而核小体印迹的松散程度可代表基因表达活跃程度的高低。

. w5 w  g% t2 D5 I$ `+ T: h
拷贝数变异
, z2 X) f+ b: X) s& H9 V! E" G  j( J) C# z6 F
肿瘤组织通常存在拷贝数变异等染色体异常现象,而正常组织基本无此现象。

7 S/ D2 I6 [( G) O: \2 E1 L3 w7 V
640.png
(可点击图片放大查看)

  • 7 D$ {4 Y7 G$ r7 V, `

, }1 k$ W0 A& |3 i8 }. Z4 q$ i* m+ |7 O8 @! j/ s

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