基因检测这个指标，可以预测肿瘤患者免疫治疗的有效率？
作者：闵TMB随着“全基因检测”的普及，被越来越多的病友认识，大致了解是与免疫治疗有关的一个生物标志物，但具体如何用于治疗、如何解读，还是懵懵懂懂。本篇就简单的为各位介绍一下何谓TMB以及其与免疫治疗的关系。
什么是TMB？
TMB的全称是Tumor Mutation Burden，即肿瘤突变负荷，现在通常将TMB定义为每百万碱基（megabase， Mb）里的突变个数。我们都知道DNA是由携带A/T/C/G四种碱基的核苷酸排列组合而成，通常使用碱基对（bp）来描述核苷酸序列的长度。
基因则是DNA序列上一段一段有实际意义的序列，通常一个基因的长度在几万到几十万bp左右。很显然，若根据TMB的定义，检测的基因数量越少，检测的区域越短，那么得到的TMB数值偏差越大；相应的若检测的基因数量越多，检测的区域越长，那么覆盖的碱基数量就越多，那么得到的TMB数值就会越准确。
通过定义我们应该明白，TMB并不同于EGFR、ALK乃至PD-L1表达等等是一个客观存在的基因或蛋白，TMB是人为定义的一个虚拟概念，用来描述待检测样本的整体突变情况。这样的特性决定了TMB不能像EGFR、PD-L1这些项目一样，除了二代测序（NGS）以外，还有其他的技术方法可以拆分开单独检测，想获知自身TMB数值就必须做NGS的多基因检测。图片来源：摄图网
TMB的检测方式
目前习惯将全外显子（WES）检测作为TMB检测的金标准，所谓的全外显子（WES）检测是指以NGS技术为基础，检测DNA基因组上所有基因的外显子区域，并不局限于肿瘤相关的基因。
全外显子与很多病友熟知的“全基因”看起来很像，但两者之间差异很大。最主要的区别在于检测通量上，也就是通常所说的“基因数量”，全外显子覆盖的是基因组上全部基因的外显子部分，而“全基因”则仅覆盖肿瘤相关基因且数量从一两百到上千不等（不同公司Panel大小设计不同）。简单来说，“全基因”并不“全”，要比全外显子检测的覆盖范围小很多。
不过正因如此导致WES检测的费用高昂，检测周期长，数据量巨大，分析难度大，并不是很适合临床实际使用。
我们要寻找一个更加简便实用又相对准确的检测Panel来满足实际计算TMB的需求，“全基因”大Panel在此时就体现出优势。相比WES检测，“全基因”的数据量相对小、检测周期短且费用相对便宜，更适合临床使用，但“全基因”也存在一个问题——该使用多大的Panel（通俗的说就是该做包含多少基因的套餐）？
2019年北京肿瘤医院的王洁教授团队发表研究探讨血液检测TMB与非小细胞肺癌患者治疗的关系，他们在该研究中建立了分别包含0-700个基因的不同检测Panel，以WES为对比标准。结果发现随着Panel中包含的基因数量越多，计算得到的TMB与金标准的相关性越高，当基因数达到150个时，相关性达已可以到0.9以上。
其实在既往的研究中也有类似结果，Panel包含的基因数量多少，或者更直观一点，应该称为Panel的大小影响其计算得到的TMB与金标准的相关性。
2018年IJC上的一篇研究表明从成本-获益比来看，大小在1.5Mb-3.0Mb之间的检测Panel是比较理想的TMB检测工具。实际中各个公司设计的检测Panel所包含的基因数量不尽相同，基因数量多少决定了Panel的大小，大多数患者没有很好的专业知识去分辨这些，因此选择300个基因以上的“全基因”较为稳妥，其计算得到的TMB既能比较接近金标准，同时也兼具较高的性价比。
3TMB的临床意义
TMB的研究可以追溯到2013年，当时是通过WES检测来分析不同肿瘤的基因突变关系，了解癌症发生发展中突变的多样性，帮助理解癌症的起因及治疗等方面，随后在2014年一篇关于CTAL-4抑制剂治疗黑色素瘤的研究正式报道了TMB高低可能与免疫治疗的疗效相关，自此TMB被认为是一种新的生物标志物，可用于预测病人接受免疫治疗的有效率，且与PD-L1表达相互独立，互不影响。
到如今，FDA已经批准帕博丽珠单抗（俗称“K药”）用于治疗TMB-H的实体瘤人群，且NCCN指南也将TMB作为免疫治疗的生物标志物纳入推荐。
结尾
TMB（肿瘤突变负荷）不同于EGFR基因或者PD-L1表达，并不是客观存在的实物，而是一个人为定义的概念，更像是一个统计结果。TMB检测的金标准为基于NGS技术的WES（全外显子检测），但由于该技术价格昂贵、检测周期偏长的原因，不适合临床实际使用。
为更好的服务于实际诊疗，通常采用包含基因相对较少的大Panel检测（即俗称“全基因”），然而Panel的大小直接影响其计算的TMB与金标准的相关性，为保证结果可靠及较好性价比，通常建议选择至少300个基因以上的Panel。
尽管TMB目前作为生物标志物用于预测患者使用免疫治疗的有效率，且也获得了FDA及NCCN指南的认可，但是在临床实际使用还是存在诸多问题值得思考，下篇文章中将具体聊一聊当下基因检测市场上的TMB检测究竟存在哪些问题，敬请关注。
图片来源：摄图网
参考文献.Wang, Zhijie, et al. "Assessment of blood tumor mutational burden as a potential biomarker for immunotherapy in patients with non–small cell lung cancer with use of a next-generation sequencing cancer gene panel." JAMA oncology 5.5 (2019): 696-702..Buchhalter, Ivo, et al. "Size matters: dissecting key parameters for panel‐based tumor mutational burden analysis." International journal of cancer 144.4 (2019): 848-858.
5月福利与癌共舞论坛联手吉因加，推出“吉爱3000”惠民检项目，最低3000可及的基因检测专属福利，详情点击《低至3000元的肿瘤基因检测，用好了提高抗癌成功率！》了解，或微信扫码联系下方小助手进行免费咨询。
页:
[1]